《百年孤独》的叙事结构不同一般，马尔克斯采用了连环、环环相套、循环往复的叙事结构来展现小镇马孔多的历史。这种环环相套的结构，恰如其分地表现了小说的一个主题：人的孤独、封闭，以及由孤独封闭而造成的落后、消亡。作者对“孤独”这一具有民族特性的问题作了深刻的揭示。小镇的创始人何·阿·布恩蒂亚最初为了逃避家族的责备逃离家乡，他率领２０来户人家走到海边，无路可走，于是在那里居住下来，把那个地方取名“马孔多”。布恩蒂亚为全村人合理地设计村镇的布局，带领大家共同建设马孔多。后来，随着吉普赛人、阿拉伯人、欧洲各地的人以及美国人不断涌进这个世外桃源，各种各样的“新奇”东西也随之进入这个新开发的小镇。布恩蒂亚为那些新奇的东西而兴奋着迷，他不断地接受新事物。竟然在不断地“发明”和“探索”中变得神魂颠倒，最后发疯，被家人捆在大树下，成了个活死人。他的二儿子奥雷良诺曾身经百战，可到头来他和战友们的流血奋斗丝毫没有意义。闹了半天，一切依旧，暴君走了一个又来一个。政府公然背信弃义，而他的党内的一些人为了个人利益对前政敌唯唯诺诺。奥雷良诺上校绝望地把自己关在作坊里制作小金鱼，再也不关心国内局势，最终无声无息地死去。他的妹妹阿玛兰塔，因为妒忌雷贝卡——她母亲的养女，先是与雷贝卡明争暗夺意大利商人皮埃特罗的爱情，之后在他向阿玛主塔求婚时，她又断然拒绝了他。皮埃特罗不堪连续打击，愤而自尽。不久阿玛兰塔又成了格林列尔的未婚妻，可是，在他准备同她结婚时，她又坚决地拒绝了他。她整天织她的裹尸布，日织夜拆，打发日子。雷贝卡和布恩蒂亚的大儿子结婚后，他们的生活方式被村人憎恨。在她丈夫被人杀死后，雷贝卡把自己倒锁在屋内，完全与世隔绝地度过了后半生。布恩蒂亚家族一代一代，“他们尽管相貌各异，肤色不同，脾性、个子各有差异，但从他们的眼神中，一眼便可辨认出那种这一家族特有的、绝对不会弄错的孤独眼神。”作者花了大量的笔墨，描写那些由于愚昧、落后、保守以及情欲所造成的孤独，表现了一种因为不能掌握自身命运而产生的绝望、冷漠和疏远感。这种孤独的民族性成为阻碍民族或国家进步的一大障碍。
