当弘光皇帝被擒杀后，大面积的御清战争并没有结束。唐王朱聿键家族世代封袭在安徽凤阳这个地方，他跟某些朱氏子孙一样在这个山河破碎的季节希望重整帝业。朱聿键跟晚明的其他藩王一样是朱元璋的九世孙或者十世孙，这些无忧无虑的藩王大多保持了长寿，当他们登上明末政治舞台的时候完全比那些世袭的皇帝要长好几个辈分。
朱聿键显得冲动而急躁，当李自成的造反大军逼到河南的时候，他向朝廷请求借兵平叛。他大概忘了历史上的教训，朱聿键的行为既愚蠢又让人莫名其妙，他的请求理所当然遭到崇祯的拒绝。但是他自己散出家财跑到南阳去招了几千兵马，结果被李自成打得大败。朱聿键私自招兵的事情犯了宗室大忌，他被废为庶人，囚禁在凤阳。当明室南渡后，弘光皇帝考虑到凤阳离南京近，怕他闹事，便将他迁徙到广西。哪知道走在半路上，弘光政权便被灭掉了，朱聿键便跟其他一些明朝宗室和士绅一起流亡福建。此时，明朝的宗室、官僚、缙绅依托钱塘江，在浙江和福建开展御清活动。
朱聿键在福建被海盗头子郑芝龙、福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周拥立为帝，当年改元隆武，定都福州。与此同时，在浙江绍兴又出现鲁王朱以海监国政权。两个明朝宗室建立的政权一个在福建，一个在浙江，两者互不承认，朱以海只称朱聿键为皇伯父，而不称皇上。
鲁王政权似乎给隆武政权充当一个屏藩的作用，但这个屏藩实际上并无作用，鲁王手下没有多少军队，他甚至还主动进攻南方的隆武政权。顺治三年（1646年）六月，在清兵进攻浙东的形势下，这个存在一年的政权灭亡，鲁王漂泊海上，后来到了台湾。
鲁王政权的迅速覆灭使得福建门户大开。此时隆武手中并无兵马，兵马都在郑芝龙手中。作为一个生意人，郑芝龙并不想为了一个即将灭亡的政权贴上老本，他最好的归宿还是归降清朝，满清政权已经懂得如何善待归降的明朝遗官和遗民。
朱聿键空有一腔热血，奈何时运不济。隆武政权时期可以说是整个南明时期一个重要的转折点，因为它改变了弘光王朝的联清灭顺的政策，转而实行联顺灭清的政策。因为弘光政权一直没有搞清楚谁是真正的敌人，在迁都南京后，它一直试图联合清朝继续对付农民军。正是这种政策上的转变直接促使了随后南方御清运动的**。
虽然隆武政权试图北伐，虽然它也曾一度收复安徽的某些地区，但终究是指挥不动郑芝龙的兵马，在鲁王政权覆灭后它也很快遭到灭亡的命运。朱聿键被清军俘获，后来绝食而死。
在鲁王政权和隆武政权相继覆灭后，顺治三年十一月份，一些明朝的大学士在广州拥立朱聿键的弟弟朱聿鐭成立绍武政权。刚刚成立的绍武政权又开始跟在广东肇庆成立的永历政权争夺正统。到了十二月份，清军降将李成栋攻破广州，仅仅成立一个多月的绍武政权灭亡。
隆武、绍武、鲁王政权的相继覆灭并不标志着南明政权御清战争的结束，它实际上只是一个开始，因为随后的御清战争主力转移到了农民军身上，精彩才刚刚上演。
