晚年的颜元，曾深有感触地说过这样一段话：“予未南游时，尚有将就程朱，附之圣门支派之意。自一南游，见人人禅子，家家虚文，直与孔门敌列。必破一分程朱，始入一分孔孟，乃定以为孔孟与程朱判然两途，不愿作道统中乡原矣。”（《年谱》）
他与理学决裂的根源在哪里？
是宋明儒者的高谈性理，鄙弃事功。顾炎武就曾对此痛斥：“孰知今日之清谈，有甚于前代者……不习六艺之文，不考百王之典，不综当代之务，举夫子学论政之大端一切不问，而曰一贯，曰无言，以明心见性之空言，代修己治人之实学。”（《日知录》）并据此疾呼：“凡文之不关六经之指、当世之务者，一切不为。”
颜元比顾炎武走得更远，态度也更为激烈。
他说：“宋儒如得一路程本，观一处又观一处，自喜为通天下路程，人人亦以晓路称之，其实一步未行，一处未到，周行芜榛矣。”颜元反理学，不是从理学家津津乐道的心性义理方面置喙反驳，而是以实事实行为标准，来对所批对象的各种命题给定其真正价值所在。
他认为，早期儒学的基本特点是尚实。天地所生以主此气机者，率皆实文、实行、实体、实用，卒为天地造实绩，而民以安，物以阜。自孔孟以后，气运日降，儒业日毁，“孟子后之道之学，二千年总成一大谎”。
具体说来就是：“秦火之后，汉儒掇拾遗文，遂误为训诂之学。晋人又诬为清谈，汉唐又流为佛老，至宋而加甚矣。仆尝有言，训诂、清谈、禅宗、乡愿，有一皆足以惑世诬民，而宋人兼之，乌得不晦圣道误苍生至此也！仆窃谓其祸甚于杨墨，烈于嬴秦。每一念及，辄为太息流涕，甚则痛哭！”
宋明理学造成的结果是，所有的学问无不尚虚。儒者无事便袖手谈心性，临危一死报君王，呈现出一派软弱无能的“妇人态，甚可羞”。
为纠正宋明理学之弊，颜元提倡实学、实习、实行。他将宋明理学的错误归根于气与理的人为割裂。
宋儒将理、气分开，认为理在气先。朱熹就说：“未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地。”由此，他们认为人禀赋天理才产生“天命之性”或曰“道心”。而颜元认为，孟子只说人性本善，没有什么“天理之性”与“气质之性”的区别。只是二程凭空说人有“气质之性”，因禀受气时有深浅、厚薄、清浊的不同，故性有善恶之别，于是才有了人欲为万恶根源的命题。颜元认为理与气不能割裂，“若无气质，理将安附？”人的恶，来自后天的引、蔽、习、染。
要使学术起到经世致用的作用，那就必须反对空谈心性，重视实事实功。
在为学上，颜元猛烈抨击陆王与程朱的静坐心解和居敬穷理方法。他辛辣地指出：“朱子教人半日静坐，半日读书，无异于半日当和尚，半日当汉儒，试问一日十二时辰，哪一刻是尧、舜、周、孔？”同时，他指出这种求学之法有损健康：“终日兀坐书房中，萎惰人精神，使人筋骨皆疲软，以至天下无不弱之书生，无不病之书生，生民之祸，未有甚于此者也。”
天下书生，肩不能扛，手不能提，体弱多病，原因皆在于此。
他以积极的姿态提出：“养身莫善于习动。夙兴夜寐，振起精神，寻事去做，行之有常，并不困疲，日益精壮。但说静息将养，便日就惰弱。故曰君子庄敬日强，安肆日偷。”他要天下人都振作起来，“提醒身心，一齐振起。”为防止懒惰、萎靡、消沉，应该“身无事干，寻事去干；心无理思，寻理去思。习此身使勤，习此心使存”。（《言行录》）学者应该积极“习行礼乐射御之学，健人筋骨，和人血气，调人情性，长人神智。一时习行，受一时之福；一日习行，受一日之福。一人习之，赐福一人；一家习之，赐福一家；一国天下皆然。小之却一身之疾，大之措民物之安”。（《言行录》）
他强调：“一身动则一身强，一家动则一家强，一国动则一国强，天下动则天下强。”这是他第一次提到健身强体对一个国家、民族的重要性。翻译成今天的一句白话，就是倡导“生命在于运动”。
在向来重视智育、德育，漠视体育而柔风习习、孱弱不堪的中国教育界，这是一句振聋发聩的提醒与倡议！
是颜元首次提出了体育的重要性，并将之与智育和德育并列在一处。颜元正是这样身体力行的，他终身行医、骑马、田间劳作，而且始终习武不辍。
梁启超在《尚武论》中说：“尚武者国民之元气，国家所恃之以立，而文明所赖以维持者也。”你看，当满清人在马背上剽悍驰骋时，他们如狼似虎，横扫中国；而当八旗子弟架鹰遛鸟、逗狗玩蛐蛐萎靡不振时，便只能挨打！这就是历史的证明。
